James M. Ferguson
Bioinformático
Sou um bioinformático especializado em tecnologias genômicas, sequenciamento de nanoporos em tempo real, análise de sinais, aprendizado de máquina e hardware associado. Tenho experiência em desenvolvimento de software e mais de uma década de experiência na indústria de patologia.
Interesses de pesquisa
Sou Analista de Sistemas Genômicos no Instituto Garvan com experiência em testes de patologia clínica, algoritmos e desenvolvimento de software. Liderando o desenvolvimento computacional dentro do Grupo de Tecnologias Genômicas do Center for Population Genomics, aplico minhas habilidades únicas para desenvolver novas ferramentas de bioinformática, bem como projetar e apoiar a infraestrutura de sequenciamento de nanoporos.
Minhas áreas de pesquisa incluem:
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Análise de sinal de nanoporos
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Testes clínicos e desenvolvimento de métodos
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Distúrbios de repetição curta em tandem
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Genômica viral (HIV/SARS-Cov-2)
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Sequenciamento de célula única
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Sequenciamento Direto de RNA
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Montagem do genoma
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Detecção de metilação
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Aprendizado de máquina/profundo
Destaques da Publicação
Fergusson, JMe MA Smith (2019). "SquiggleKit: um kit de ferramentas para manipular dados de sinais de nanoporos." Bioinformática 35(24): 5372-5373.
Smith, MA, T. Ersavas,JM Ferguson, H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton e EM Novoa (2020). "Código de barras molecular de RNAs nativos usando sequenciamento de nanoporos e aprendizado profundo." Genoma Res 30(9): 1345-1353.
Fergusson, JM, H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James e IW Deveson (2021). "InterARTIC: um aplicativo da web interativo para análise de sequenciamento de nanoporos de genoma inteiro de SARS-CoV-2 e outros vírus."Bioinformática.